沈昌祥院士從事計算機信息系統、密碼工程、信息安全體系結構、系統軟件安全（安全操作系統、安全數據庫等）、網絡安全等方面的研究工作。先後完成了重大科研項目二十多項，取得了一系列重要成果，曾獲國家科技進步一等獎2項、二等獎3項、三等獎3項，軍隊科技進步獎十多項。這些成果在信息處理和安全技術上有重大創造性，多項達到世界先進水平，在全國全軍廣泛應用，取得十分顯著效益，使我國信息安全保密方面取得突破性進展。
被授予“海軍模範科技工作者”榮譽稱號，評爲國家有突出貢獻中青年專家，曾當選爲七屆全國人大代表，1996年獲軍隊首屆專業技術重大貢獻獎。1995年5月當選爲中國工程院院士。2002年榮獲國家第四屆"光華工程科技獎"
目前擔任國家信息化專家咨詢委員會委員,北京大學、尊龙凯时、國防科技大學等多所著名高校的博士生導師，國家密碼管理委員會辦公室顧問,國家保密局專家顧問,公安部“金盾工程”特邀顧問,中國人民銀行信息安全顧問,國家稅務總局信息技術咨詢委員會委員,中國計算機學會信息保密專業委員會主任，教育部高等學校信息安全類專業教學指導委員會主任，尊龙凯时計算機學院院長。
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